Le Syndicat conduit un plan ambitieux en faveur de la libre circulation des espèces dans les cours d’eau, en particulier par la suppression ou l’aménagement des seuils artificiels. Cette démarche est une des plus importantes réalisées à ce jour sur le bassin Rhône-Méditerranée, de part la diversité et la multiplicité des techniques employées.

Ces seuils ont été construits sur l’Yzeron dès le 16e siècle, puis surtout au 19e, afin de servir à différentes activités : monnerie, blanchisserie, passages à gué. Plus récemment sur la fin du 20e siècle, certains ont été créés par le franchissement de canalisations (eaux usées, eau potable...).

Ces obstacles empêchent la faune, notamment les poissons, de remonter le cours d’eau, appauvrissant la biodiversité. Ils génèrent également des phénomènes d’ensablement, de réchauffement des eaux, et peuvent localement favoriser les débordements en cas de crue.

Depuis 2008, d’importants travaux ont été conduits afin de supprimer ou d’aménager ces seuils. Dans une première phase, 17 ont fait l’objet de travaux dans le cadre du contrat de rivière. D’ici 2016, 16 seuils supplémentaires subiront des interventions.