L’Yzeron et ses affluents souffrent de problèmes classiques des cours d’eau périurbains en particulier l’incision et l’ensablement. Il est aussi nécessaire de gérer les embâcles qui gênent l’écoulement de l’eau.

L’accroissement important des phénomènes d’incision et d’ensablement est une des conséquences de l’urbanisation, qui s’accompagne de l’imperméabilisation des sols. Celle-ci accroît la vitesse et le volume du ruissellement, entrainant une érosion des berges et du lit du cours d’eau. Ce phénomène est renforcé par la disparition ou l’absence de ripisylve, et par la nature « sableuse » des sols traversés sur l’Ouest lyonnais (arène granitique).
Un inventaire a relevé qu’un sous-affluent de l’Yzeron sur trois était incisé, soit 29 sous-affluents.

Les sédiments arrachés du lit et des berges lors de ces phénomènes d’incision contribuent entre 30 et 60 % à l’ensablement des cours d’eau en aval, essentiellement dans l’Yzeron, le Charbonnières et le Ratier. Chaque année, un volume total de 215 à 340 m3 de sédiments sont transportés.

La lutte contre ces phénomènes est complexe. Elle passe par la restauration des berges, la création de pièges à sables, la création de petits aménagements permettant de ralentir le débit de l’eau et de renforcer le lit. Une opération d’envergure a ainsi été menée par le SAGYRC sur la Goutte des Verrières.

De manière préventive, il faut surtout réduire au maximum la collecte et la concentration des eaux pluviales (busage) et leur rejet direct au milieu naturel.